Voor opleidingen die ofwel een instellingsfixus (voor één bepaalde opleiding aan een bepaalde instelling) of een opleidingsfixus (alle opleidingen in Nederland hebben een beperking) hebben mag de instelling kiezen om een gedeelte van de beschikbare plaatsen aan de instelling zelf te verdelen. Ze mogen zelf kiezen hoeveel plaatsen ze via decentrale selectie verdelen met een maximum van honderd procent. Als een opleiding kiest voor 100% decentraal worden wel de direct geplaatste studenten van het aantal beschikbare plaatsen in mindering gebracht. Als een opleiding kiest voor minder dan 100% decentraal worden de direct geplaatste studenten op het aantal plaatsen beschikbaar voor gewogen loting in mindering gebracht.

De instelling kan zelf bepalen op welke bijzondere kwalificaties de studenten worden geselecteerd. De instellingen mogen, omdat er ook een centrale selectie is die via een gewogen loting op examencijfers selecteert, niet op deze examencijfers selecteren. Verder dienen de gegadigden ook te voldoen aan de normale toelatingseisen voor de studie, zoals een vwo-diploma.

Deze criteria, samen met alle administratieve vereisten moet de instelling op tijd bekendmaken. De gegadigde moet zich eerst inschrijven (inschrijfdata variëren tussen januari en mei) bij DUO. Er mag per jaar maar voor één decentrale selectieprocedure worden ingeschreven. 

De instelling zal zelf de selectieprocedure starten met de gegadigde. De instellingen kunnen de gegadigden toetsen door ze schriftelijk aanmeldingsformulieren of motivatiebrieven te laten sturen of door toetsen of gesprekken op de instelling zelf af te nemen. Sommige instellingen gebruiken beide instrumenten. Als de instelling de gegadigde heeft geselecteerd, geeft ze dat door aan de IB-Groep. De IB-Groep stuurt de geselecteerde gegadigde dan een Bewijs van Toelating. Mocht men niet worden geselecteerd dan doet men automatisch mee met de centrale selectie: de gewogen loting op gemiddeld eindexamencijfer. Of men nog een keer mee mag doen met de decentrale selectie hangt af van de instelling. Die zijn vrij te bepalen hoe vaak er meegedaan mag worden, maar de meeste instellingen laten mensen één keer meedoen.